سرانجام دشمنان مختار از درون و بیرون، حکومت وى را تحت فشار قرار داده و سپاهیان وى را در چند جبهه درگیر کردند. مصعب بن زبیر که به کوفه هجوم آورده بود، با همکارى ضدانقلاب کوفه، سپاهیان مختار را پس از نبردى سنگین وادار به شکست کرد و در این میان، مختار شجاعانه به قتل رسید. وى در 67 سالگى و در رمضان سال 67 قمری به شهادت رسید.
قیام مختار ثقفی به خونخواهی شهدای کربلا 12 ربیع الاول آغاز و بواسطه آن مختار بسیاری از جنایتکاران کربلا را به هلاکت رساند.
به گزارش مهر، مختار بن ابى عبیده ثقفى و خاندان مبارز وى ، به ویژه عمویش سعد بن مسعود، همگى از علاقمندان امام علی (ع) و فرزندانش امام حسن و امام حسین علیهماالسلام و ازطرفداران و محبان اهل بیت بودند.
در آغاز قیام امام حسین(ع)، مختار از هواداران اصلى آن حضرت در کوفه بود و به شدت با حکومت یزید مخالفت مىورزید و هنگامى که مسلم بن عقیل، نماینده امام حسین وارد کوفه شد، در خانه مختار، منزل گزید و از همین جا، قیام ضد اموى را رهبرى مىکرد ولى در روز قیام مسلم بن عقیل که پیش از موعد مقرر به وقوع پیوست مختار در کوفه نبود و زمانى به کوفه برگشت که مسلم بن عقیل، شهید و عبیدالله بن زیاد بر شهر تسلط کامل یافته بود و مختار به محض ورود به شهر دستگیر و زندانى شد و با بزرگانى از شیعه، هم چون میثم تمار، عبدالله بن حارث و بسیارى از دوستداران اهلبیت در زندان، هم بند شد و روحیه رزمى تازهاى یافت.
عبدالله بن عمر، که همسر صفیه خواهر مختار بود، از دستگیرى وى مطلع شد جهت رهایى وى نامهاى به یزید نوشت و از او تقاضاى خلاصى مختار از بند عبیدالله را نمود. یزید درخواست وى را پذیرفت و به عبید الله نامهاى نوشت و دستور داد که مختار را آزاد کند.
عبید الله بن زیاد که قصد اعدام مختار را داشت، به ناچار وى را آزاد کرد ولى دستور داد از شهر کوفه بیرون رود. مختار، هنگامى از زندان رهایى یافت که واقعه کربلا و قیام اباعبدالله الحسین(ع) و شهادت آن حضرت و یارانش در کربلا به پایان رسیده بود و او افسوس فراوان مىخورد که چرا توفیق حضور در رکاب آن حضرت را نداشت. مختار از آن پس به سوى حجاز رفت و در مکه با قیام "عبدالله بن زبیر" آشنا شد.
وى پس از دیدارهایى با عبدالله بن زبیر وى را هم فکر و هم عقیده خویش نیافت و بدین جهت از وى جدا شد و به طائف رفت و پس از یک سال بار دیگر به مکه رفت و با وساطت برخى دوباره با عبدالله بن زبیر دیدار و با او به صورت مشروط بیعت کرد و شرط او این بود که وى، پس از عبدالله بن زبیر بالاترین پست حکومتى را داشته باشد تا از این طریق به هدفها و خواسته هایش برسد. مختار در جریان هجوم "حصین بن نمیر" به مکه و مقاومت سرسختانه عبدالله بن زبیر، در کنار وی بود و شجاعانه با لشکریان شام به نبرد مىپرداخت.
سرانجام یزید بن معاویه در سال 64 قمرى به هلاکت رسید و رشته حکومتى امویان از هم پاشید و عبدالله بن زبیر خود را خلیفه مسلمانان نامید و بسیارى از مناطق اسلامى از جمله حجاز، عراق، ایران و یمن را در تصرف خویش درآورد. پس از پیروزى عبدالله بن زبیر، مختار دریافت که وى به فکر و رأى خود عمل مىکند و تنها به پیروزى خویش مىاندیشد. بدین جهت از وى جدا شد و راه عراق را در پیش گرفت و بار دیگر در کوفه ساکن شد.
به همان مقدار که وى به خاندان پیامبر(ص) علاقه نشان مىداد و براى خونخواهى شهیدان آنان قیام مىکرد، به همان اندازه عبدالله بن زبیر پس از پیروزى با آنان دشمنى مىنمود و زمینه آزار آنان را فراهم مىکرد. مختار پس از ورود به کوفه شیعیان و بزرگان این شهر را به خود دعوت کرد و از آنان خواست برای انتقام خون شهداى کربلا وى را یارى دهند.
جنایتکاران واقعه کربلا که در کوفه ساکن بوده و با استاندار عبدالله بن زبیر رفت و آمد داشتند، از فعالیتهاى مختار به هراس افتاده و استاندار را براى دستگیرى وى تحت فشار قرار دادند.
به این ترتیب مختار بار دیگر دستگیر شد. مختار پیش از دستگیرى، با سران توابین، از جمله "سلیمان بن صرد خزاعى" در مبارزه با قاتلان واقعه کربلا، همفکرى و همکارى داشت ولى با شیوه آنان موافق نبود.
وى در زمان "قیام توابین" در زندان عبدالله بن زبیر به سر مىبرد. پس از واقعه شهادت توابین و بازگشت باز ماندگان به کوفه، مختار از زندان با آنان تماس گرفت و زمینه قیام خویش را فراهم ساخت. عبدالله بن عمر، بار دیگر براى وى وساطت کرد و از عبدالله بن زبیر تقاضا خواست که وى را آزاد کند. مختار از زندان آزاد شد و به سازماندهى مجدد شیعیان و خونخواهان امام حسین(ع) پرداخت.
در همین زمان عبدالله بن زبیر طى حکمى "عبدالله بن یزید انصارى" و خزانه دارش " ابراهیم بن محمد طلحه" را از حکومت کوفه برکنار و " عبدالله بن مطیع " که از یاران بسیار نزدیک وى بود را به این مقام منصوب کرد.
گستره دعوت مختار به بصره نیز رسید و تعداد زیادى از شیعیان این شهر به کوفه وارد شده و به مختار پیوستند. برخى از بزرگان شیعه و سران قبایل نسبت به حقانیت دعوت مختار تردید نموده و بدین لحاظ نمایندهاى به مدینه فرستاده و از محمد بن حنفیه درباره صحت دعوت مختار استفسار نمودند. محمد بن حنفیه در پاسخ آنان گفت: مختار، وزیر و پشتیبان من است و فرستاده و دوستدار ماست.
پس از این پیام، بسیارى از سران شیعه، از جمله " ابراهیم بن مالک اشتر نخعى" به او پیوسته و از جهت نیرو و امکانات تقویتش نمودند .پس از آنکه زمینه قیام فراهم آمد، مختار و ابراهیم بن مالک و دیگر سران نهضت، تصمیم گرفتند شب پنجشنبه، 14 ربیع الاول سال 66 قیام را آغاز کرده و حکومت کوفه را به دست گیرند.
ولى با برخورد رئیس پلیس کوفه با ابراهیم بن مالک اشتر و کشته شدن رئیس پلیس در روز سه شنبه 12 ربیع الاول، عملاً قیام مختار دو روز زودتر از موعد مقرر آغاز شد.
انقلابیون کوفه، با شعار " یالثارات الحسین" حرکت خویش را گسترش داده و با نیروهاى عبدالله بن مطیع، نماینده عبدالله بن زبیر به نبرد برخاستند و با شکست دشمن، حکومت کوفه را به دست گرفته و نماینده عبدالله بن زبیر را اخراج کردند.
یاران مختار که اغلب از موالیان و ایرانیان مقیم عراق و شیعیان و دوستداران اهل بیت بودند، در اندک مدتى بر بخش هایى از عراق تسلط پیدا کردند.
مختار پس از پیروزى، به تعقیب جنایتکاران واقعه کربلا پرداخت و بسیارى از آنان را دستگیر و به سزاى کردارشان رساند و برخى از آنان را در میدان جنگ به قتل رساند و برخى دیگر را در هنگام شکست، اسیر و هلاک کرد.
ولى مختار با سه جبهه مهم روبرو بود: 1- عبدالله بن زبیر، که برادرش مصعب بن زبیر را به جنگ مختار فرستاده بود. 2- امویان شام که عبیدالله بن زیاد را براى سرکوبى مختار به سوى عراق گسیل کرده بود. 3- ضد انقلاب داخلى و گردنکشان مخالف اهل بیت که در کوفه و اطراف آن ساکن بوده و با قیام مختار به شدت مخالفت مىورزیدند.
سرانجام دشمنان مختار از درون و بیرون، حکومت وى را تحت فشار قرار داده و سپاهیان وى را در چند جبهه درگیر کردند. مصعب بن زبیر که به کوفه هجوم آورده بود، با همکارى ضدانقلاب کوفه، سپاهیان مختار را پس از نبردى سنگین وادار به شکست کرد و در این میان، مختار شجاعانه به قتل رسید. وى در 67 سالگى و در رمضان سال 67 قمری به شهادت رسید.
پس از کشته شدن وى، حدود هفت هزار نفر از یاران وى که در دارالاماره محاصره بودند همگى دستگیر و با قساوت کشته شدند. بدین ترتیب، مختار بن ابى عبیده ثقفى با قیام خود انتقام خون شهیدان کربلا را از جنایتکاران و قاتلان کربلا گرفت و افرادى چون عبیدالله بن زیاد، عمر بن سعد، شمر بن ذى الجوشن، محمد بن اشعث، حصین بن نمیر، شر حبیل بن ذى الکلاع و بسیارى از آنان را به سزاى کردارشان رساند.