آیت الله خلخالی اولین حاکم شرع دادگاه های انقلاب در کتاب خاطرات خود نوشت: خلاصه حرف های هویدا در دادگاه حول این محور دور می زد که «سیستم تصمیم می گرفت و عمل می کرد و افراد کاره ای نبودند و بی تقصیرند.»
به گزارش ایرنا، وی افزود: به او گفتم شما با این کیفیت و مدافعات حتی شاه را هم تبرئه می کنید. آقای هویدا شما می گویید سیستم زندان درست کرد و شکنجه گاه آفرید و مردم را به منگنه گذاشت و در خیابان شکار کرد و کشت و نفت را مجانی به اسراییل داد و دست مستشاران نظامی آمریکا و اسراییل را در ایران باز گذاشت و مبارزین را پس از اتمام دوره زندان چندین سال دیگر در زندان نگاه داشت، شما سیزده سال تمام حکومت کردید، ولی بی خبر از همه چیز و همه جا؟ آیا ممکن است کسی نخست وزیر مملکت بشود و بتواند خودش را به این آسانی تبرئه کند؟»
خلخالی افزود: هویدا تقریبا گیج شده بود، مانند کسی که سرسام گرفته باشد گفت که تکلیفم چیست؟ گفتم تکلیفت این است که آخرین دفاعیات خود را بکنی.
وی در کتاب خود، افزود: مثل اینکه متوجه منظورم شد، لذا گفت که من نمی گویم بی تقصیر بودم، کارهای مفیدی هم کردم، سبک و سنگین بکنید، می خواهم تاریخ 25 ساله ایران را بنویسم. گفتم بعد از این تاریخ نویس زیاد خواهد بود و سبک و سنگین کردیم جزای شما همان جزای مفسدین فی الارض است.
من گفتم: کسانی که در روی زمین فساد و تباهی را گسترش می دهند جزای آنها مرگ است. پس از شنیدن این سخن او به عجز و لابه افتاد، ولی دیگر دیر شده بود.
خلخالی نوشت: هویدا در حالی که عرق می ریخت، گفت که حضرت خلخالی من نمی گویم من را اعدام نکنید، ولی خواهش می کنم به مدت دو ماه اعدام مرا به تاخیر بیاندازید. هر چه او اصرار کرد من قبول نکردم و گفتم وصیت خود را بنویس. هویدا حاضر به نوشتن وصیت نشد تا شاید اعدام او به تاخیر افتد.